Ya en los cultos cuaresmales de 1940 actuó una Capilla Musical de voces y orquesta formada por alumnos y profesores del Conservatorio Superior de Música de Córdoba, que continuó sus actuaciones durante una década.
Sin embargo, el nombre "Capilla Musical de la Hermandad de la Misericordia" no apareció hasta 1950; la formación prolongó su existencia hasta 1953, cuando desapareció al aplicarse unas normas sobre música religiosa promulgadas por el obispo Fray Albino.
Retomando una iniciativa que llevaba 60 años interrumpida, la Hermandad de la Misericordia recuperó en 2013 su Capilla Musical. Fue una iniciativa de nuestro hermano Jesús Reina Lozano, que acompañado por un grupo de cofrades, al que se sumaron poco a poco otras personas, propuso la recuperación de la Capilla a la junta de gobierno, que aceptó encantada la propuesta. Los ensayos empezaron en octubre de 2012, con un grupo de sólo ocho personas más el director. Pero entre el otoño de ese año y el invierno del siguiente el grupo creció y se consolidó gracias al entusiasmo de su director y sus componentes. La primera actuación tuvo lugar en la Basílica de San Pedro el 17 de febrero de 2013, en la fiesta de regla con que terminaron los solemnes cultos cuaresmales. Como detalle significativo podemos decir que esta actuación no figuraba en la convocatoria de dichos cultos, porque el director de la Capilla prefería esperar a la presentación si no se alcanzaba el exigente nivel de calidad que él mismo había fijado; pero, como decimos, el trabajo y el entusiasmo de los componentes dio sus frutos, y se pudo presentar –para solemnidad de la liturgia y disfrute de los asistentes- el día del más importante acto interno de la cofradía.
Las actuaciones se sucedieron, y así actuó también en otros actos propios de la hermandad, como el Via Crucis del Viernes de Dolores, la procesión del Corpus Christi, la función solemne del 15 de septiembre en honor de Nuestra Señora de las Lágrimas en su Desamparo o los cultos a los Santos Mártires del mes de noviembre.
Pero su calidad musical comenzó muy pronto a ser conocida en Córdoba y también ha prestado su colaboración no sólo en actos religiosos de otras hermandades o asociaciones religiosas, sino en actividades culturales promovidas por instituciones públicas y privadas, como los conciertos en el Palacio de Orive dentro de la Muestra de Corales Cordobesas que se celebra cada año entre noviembre y diciembre.
Ha actuado ya en numerosas ocasiones fuera de Córdoba capital: Puente Genil, Espejo, Úbeda, Fuente Obejuna y otras localidades de la provincia han acogido sus actuaciones. También ha actuado ya fuera de España, concretamente en Silves (Portugal), en cuya catedral intervino el 25 de junio de 2022.
Hay que decir que, por decisión de sus componentes, la Capilla Musical de la Misericordia destina todos los ingresos que generan sus actuaciones al programa Obras de Misericordia, que aglutina todas las aportaciones de la Hermandad a fines benéficos y sociales.