Siete composiciones musicales han sido compuestas para la Estación de Penitencia del Santísimo Cristo de la Misericordia y Nuestra Señora de las Lágrimas en su Desamparo:
La primitiva Capilla Musical se formó para la Cuaresma de 1940, y actuó por última vez en con el nombre de la Hermandad 1949.
Dos recordados músicos cordobeses fueron sus directores: desde la fundación y hasta su fallecimiento el 1 de noviembre de 1942, ostentó la batuta Luis Serrano Lucena, catedrático y director que fue del Conservatorio Superior de Música de Córdoba; él fue el organizador de la capilla y el autor de un importante repertorio de piezas musicales sacras destinadas especialmente a los cultos, cuyas partituras se conservan hoy en la casa de hermandad. A su muerte, fue encomendada la dirección de la al maestro Antonio Jiménez Román, igualmente profesor del Conservatorio.
Durante sus actuaciones en los cultos cuaresmales de cada año, la capilla musical interpretaba composiciones clásicas de Haendel, Beethoven o Schumann, pero también, y esto es lo más destacable, piezas compuestas especialmente consagradas para los cultos de la Hermandad: cabe hacer mención, por ejemplo, de los motetes eucarísticos Pange, lingua, Tantum ergo y Sacris solemnis, junto a Hecha con espinas, la Gran Letanía número 5 en re menor y Misericordia, Señor, todas ellas con música de Serrano Lucena y ésta última con letra de Francisco Melguizo, autor asimismo de una Misa solemne cuaresmal para cuatro voces y gran orquesta, estrenada en los cultos de 1947.
Pero también se conservan en el archivo musical de la Hermandad piezas consagradas a los cultos de los Santos Mártires. Entre ellas destaca especialmente el Himno a los Santos Mártires, de autor anónimo (tanto de la letra como de la música). Después de más de 35 años sin sonar en los cultos de noviembre, fue recuperado por la Capilla Musical de la Hermandad y reestrenado en 2013.