A través de su programa Obras de Misericordia, nuestra Hermandad colabora en un amplio abanico de obras de asistencia social y caritativa. Sólo en el año 2018 la suma destinada a este fin ha superado los 14.000 euros. Desde el año 2010 la Misericordia ha destinado a su programa caritativo y social nada menos que 114.273,17 euros, que arrojan un promedio de 12.503,73 euros anuales.
Los destinatarios de estas ayudas son siempre personas o comunidades en difícil situación económica y social, tanto en un entorno inmediato como en lugares muy lejanos de nuestra geografía.
La mayor parte de las ayudas se reparte entre entidades establecidas en Córdoba, como:
Asimismo, la Hermandad reparte a principios de cada curso lotes de material escolar para hijos de familias necesitadas de la feligresía de San Pedro, y en Navidad se distribuyen juguetes con este mismo fin. Estas ayudas son posibles exclusivamente con ayudas extraordinarias de los hermanos de la cofradía que aportan voluntariamente donativos para estos proyectos al margen de su cuota ordinaria.
Sin embargo, la mayor aportación individual a una sola institución corresponde a las Misioneras Carmelitas del Sagrado Corazón para su misión en Nampula (Mozambique), y específicamente para un Centro de Rehabilitación Nutricional que atiende a niños desnutridos y con sida, así como a sus madres. En 2018 dicho Centro ha recibido 4.500 euros de la Hermandad de la Misericordia para seguir con su labor asistencial.
Desde su refundación en 2013, la Capilla Musical de la Misericordia colabora con este programa aportando los ingresos generados por sus actuaciones externas.